Atualmente, a UEM oferece 36 cursos de graduação, distribuídos entre o campus-sede, o campus de extensão em Cianorte e o campus regional de Goioerê.

Criada em 1969, a UEM resultou da unificação da Faculdade Estadual de Ciências Econômicas (fundada em 1959), da Faculdade Estadual de Direito (1967) e da Fundação Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras (1967). Juntas, essas instituições ofereciam cursos de Ciências Econômicas, Direito, História, Geografia, Ciências, Letras Anglo-Portuguesas e Letras Franco-Portuguesas.

Entre 1970 e 1976, foram criados 15 novos cursos de graduação: Matemática, Química e Administração (em 1971); Engenharia Química e Engenharia Civil (em 1972); Estudos Sociais, Educação Física, Pedagogia, Ciências Biológicas, Ciências Contábeis e Física (em 1973); Farmácia-Bioquímica (em 1974); Processamento de Dados e Zootecnia (em 1975); e Agronomia (em 1977).

Em 1986, a UEM implantou seus dois primeiros cursos de mestrado, nas áreas de Ciências Biológicas e Química Aplicada. Já em 1992, teve início o primeiro curso de doutorado, em Ecologia de Ambientes Aquáticos Continentais. Atualmente, a universidade conta com 98 grupos de pesquisa cadastrados junto ao CNPq.