O homenageado foi arcebispo em Maringá entre 1997 e 2002, em seguida foi arcebispo em Florianópolis (2002-2011). Em 2011, foi nomeado arcebispo em Salvador, tornando-se também Primaz do Brasil, função que exerceu até 2020. Em 2015, na Conferência Nacional dos Bispos do Brasil foi eleito vice-presidente e integrou a Comissão Episcopal Pastoral para a Doutrina da Fé e a Comissão da Campanha para a Evangelização.

O arcebispo se aposentou ao completar 75 anos, em 2018, conforme as normas da Igreja Católica. Ele passou a residir no Seminário Sagrado Coração de Jesus, em Corupá (SC). Dom Murilo é reconhecido como uma pessoa influente na Igreja Católica brasileira e tem sua trajetória marcada pelo serviço pastoral, liderança e dedicação à formação espiritual. Seu lema episcopal é “Deus é amor”.